НАН України: Прогноз розвитку епідемії COVID-19 в Україні на 8-21 грудня 2021 року (інфографіка)
Робоча група з математичного моделювання проблем, пов’язаних з епідемією коронавірусу SARS-CoV-2 в Україні (базова установа – Інститут проблем математичних машин і систем НАН України) створена Розпорядженням Президії НАН України від 3 квітня 2020 р. №198.
Прогноз розвитку епідемії COVID-19 в Україні в період 8-21 грудня 2021 р. (Прогноз РГ-57)
ЗМІСТ
Вступ
1. Загальнонаціональна епідемічна динаміка
1.1. Динаміка захворюваності, летальних випадків і тестування
1.2. Показники навантаження на лікарні
1.3. Спостережувана летальність, одужання та вікова структура інфікованих
2. Огляд демографічних даних
3. Аналіз груп регіонів
4. Регіональна епідемічна динаміка
5. Аналіз затримок оприлюднення даних
6. Прогноз розвитку епідемії в Україні з використанням статистичної моделі часових рядів Facebook Prophet
7. Порівняння з прогнозом від 23.11.2021 року
8. Прогноз розвитку епідемії в Україні з використанням компартментної моделі
Висновки
7.12.2021
Вступ
З початку квітня 2020 р. міжвідомча Робоча група (РГ) представників Національної академії наук України, Київського національного університету імені Тараса Шевченка, Вінницького національного технічного університету та Національної академії медичних наук України – з урахуванням світового досвіду математичного моделювання розвитку епідемії COVID-19, на основі статистичних даних про динаміку епідемії в Україні та країнах Європи – створювала і тестувала математичну модель SEIR–U. За результатами проведеного моделювання Робоча група підготувала документи «Прогноз розвитку епідемії коронавірусу SARS-CoV-2 в Україні».
Президія НАН України офіційно представила прогнози до державних органів. На ці прогнози надавав посилання Кабінет Міністрів України під час брифінгів.
У новому документі «Прогноз РГ-57»:
• здійснено аналіз первинних статистичних даних розвитку епідемії в Україні;
• порівняно статистичні дані з попереднім прогнозом «Прогноз РГ-56»;
• представлено прогноз розвитку епідемії на наступний період 8 – 21 грудня 2021 року;
• проаналізовано динаміку поширення епідемії в регіонах України.
Робоча група використовує для аналізу такі джерела даних:
1. Дані щоденних звітів Міністерства охорони здоров’я (МОЗ) України. Дані про кількість нових виявлень, одужань, летальних випадків і підозр для кожної області України оприлюднюються на щоденних брифінгах МОЗ України, а також на сайті Ради національної безпеки і оборони (РНБО) України.
2. Первинні дані Центру громадського здоров’я Міністерства охорони здоров’я (ЦГЗ МОЗ) України. Опис структури даних та їх інтерпретацію наведено у документі «Прогноз РГ-9» від 26.06.2020 р.
3. Дані щодо обсягів ПЛР- та ІФА-тестування у кожній лабораторії України. Дані надає ЦГЗ МОЗ України, вони містять інформацію про загальну кількість проведених тестів, кількість позитивних тестів і ретестувань.
4. Дані Національної служби здоров’я України (НСЗУ) оновлюються щодня та містять дані про госпіталізації у кожній лікарні України.
5. Дані про загальну смертність з усіх причин і дані щодо мобільності населення з ресурсу «Економіка карантину».
6. Статистичні дані щодо країн світу: Worldometer, Financial Times, Ourworldindata.
1. Загальнонаціональна епідемічна динаміка
В останні два тижні захворюваність у країні стабільно знижувалася з темпами, близькими до 20% на тиждень. Інші епідемічні показники – кількість нових госпіталізацій та кількість позитивних тестів – скорочувалися протягом двох тижнів, відповідно, на 20% та 13% на тиждень. Кількість летальних випадків знизилася до середнього значення близько 430 на добу в середньому за тиждень, але досі лишається вищою за весняний максимум.
При прогнозуванні від одного місяця істотними є ризики, пов’язані з поширенням штаму «Омікрон», заразність і небезпечність якого інтенсивно досліджується у світі. За даними Європейського центру з профілактики та контролю захворюваності (ECDC), станом на 13-у годину за київським часом 6 грудня 2021 року відомо 693 випадки інфікування цим штамом поза країнами ЄС (а саме – в Аргентині, Австралії, Ботсвані, Бразилії, Великій Британії, Особливому адміністративному районі Гонконзі, Гані, Замбії, Зімбабве, Індії, Ізраїлі, Канаді, Малайзії, Мальдівах, Мексиці, Непалі, Нігерії, Об’єднаних Арабських Еміратах, Південній Африці, Південній Кореї, Саудівській Аравії, Сенегалі, Сінгапурі, США, Тунісі, Чилі, Швейцарії, Шрі-Ланці, Японії) та про 212 випадків інфікування цим штамом у країнах ЄС – в Австрії (11), Бельгії (9), Греції (1), Данії (32), Ірландії (1), Ісландії (12), Іспанії (7), Італії (9), Латвії (2), Нідерландах (18), Німеччині (15), Норвегії (19), Португалії (34), Румунії (2), Фінляндії (7), Франції (25), Чехії (1), Швеції (7). Увага всього світу зараз прикута до даних із Південної Африки. Захворюваність там наразі зросла приблизно вп’ятеро за тиждень.
За офіційною статистикою, станом на 7 грудня 2021 року середня кількість осіб, що одужують, склала 19512 осіб на день. Середня за тиждень кількість нових інфікованих на 7.12.2021 р. становить 10318 на день для України. Середня за тиждень кількість нових летальних випадків становить 430 на добу. Кількість нових госпіталізацій становить у середньому 2617 осіб на день.
1.1. Динаміка захворюваності, летальних випадків і тестування
На рис.1 та 2 епідемічні показники наведено разом із даними за дати 2020 року так, щоб 1 листопада цього року відповідало 1 грудня минулого року (обидві дати приблизно відповідають локальним максимумам захворюваності).
Тижнева позитивність ПЛР-тестів за два тижні знизилася з 30,0% до 24,2% (рис.2) на тлі зменшення обсягів тестування (рис.3) та виявилася нижчою за рівень 11-місячної давнини при вищій абсолютній кількості позитивних результатів.
Прискорення низхідного руху нових госпіталізацій та позитивних тестів дозволяє очікувати незначного прискорення зниження кількості нових підтверджених випадків хвороби (рис.4).




1.2. Показники навантаження на лікарні
Рис.5–6 демонструють швидке зменшення рівня навантаження на лікарні. Кількість зайнятих ліжок, призначених для хворих на COVID-19, знизилася до 60% від максимуму цієї осені.


1.3. Спостережувана летальність, одужання та вікова структура інфікованих
Спостережувана летальність для дат 4-5-тижневої давнини була близькою до 3,0%, показавши зростання на 0,3 в.п. (відсоткових пунктів) за два тижні (рис.7, таблиця 1). Для дат двотижневої давнини оцінка спостережуваної летальності склала 3,0% (рис.8).
Лікарняна летальність серед госпіталізованих у базі ЦГЗ вчергове оновила максимум і склала 22% (рис.9).
Ретроспективне оновлення даних про летальні випадки за датою подій показало, що поточна оцінка максимуму, досягнутого 2 листопада 2021 року, трохи перевищує 680 летальних випадків на добу (зі зваженим 7-денним усередненням).
На тлі повернення учнів шкіл до очного навчання суттєво зросла захворюваність серед неповнолітніх, але динаміка госпіталізацій дітей була незначною (рис.12, 13).
Методологія. Пурпуровий графік на рис.8 показує очікувану спостережувану летальність з урахуванням статево-вікових коефіцієнтів летальності, що спостерігалися в середньому у 2020 році. Значення спостережуваної летальності вище очікуваної на основі коефіцієнтів 2020 року в середньому означає, що спостережувана летальність у статево-вікових категоріях зросла, порівняно з 2020 роком. Пурпуровий графік коливається виключно за рахунок зміни статево-вікової структури виявлених хворих: якщо виявляють більше хворих похилого віку, то графік зростає, а якщо більше молоді – спадає.
Синій графік на рис.8, етапи оновлення якого показано на рис.9, наведені у датах смертельних результатів і показують їхню сумарну частку від випадків хвороби тих днів, коли цих померлих хворих зареєстрували. Синій графік на рис.8 розглядається як оперативна оцінка спостережуваної летальності в її початковому визначенні, оскільки інформація про нього швидше заповнюється. Водночас, наприклад, коли перебіг хвороби від реєстрації випадку до смертельної події скорочується, така оцінка дає збільшені значення.








2. Огляд демографічних даних
На початку поточного місяця надійшло оновлення даних Міністерства юстиції України щодо загальної смертності (ці дані доступні на сайті «Економіка карантину»), які дають відносно повну картину про число смертей до 25 листопада 2021 року (рис.14). Динаміку оновлення цих даних показано на рис.15.
Отримані дані свідчать, що надлишкова смертність над середнім рівнем 2015–2019 років суттєво перевищила кількість підтверджених летальних випадків при COVID-19. Зокрема, у перші дні листопада 2021 року кількість смертей з усіх причин сягала 3200 у день, що на 1500–1600 смертельних випадків на день більше за середнє значення у 2015–2019 роках. Це понад дворазове перевищення пікової кількості щоденних підтверджених летальних випадків при COVID-19.


3. Аналіз груп регіонів
На рис.22 показано частку груп регіонів серед захворюваності, кольорову гаму яких задано на рис.23 (докладніше про групи регіонів див. у «Прогнозі РГ-38»).
На рис.19, 20 і 21 показано кількість нових хворих, позитивних тестів і госпіталізацій за тиждень на 100 тис. населення.
Розглянуті на рис.19–21 епідемічні показники знижувалися синхронно в усіх групах регіонів. Водночас, на заході країни й у Києві підтверджена захворюваність за датами оприлюднення знижувалася дещо повільніше (рис.19) на тлі зростання частки оприлюднених випадків хвороби з давньою датою оприлюднення у столиці (рис.36).





4. Регіональна епідемічна динаміка
На картах рис.21–23 цифрами для регіонів позначено інцидентність, а також її робастну (очищену від шумових коливань) тижневу та двотижневу динаміку.
Епідемічні показники загалом поліпшувалися в усіх регіонах. Водночас, у Черкаській області в останній тиждень зросла кількість нових випадків хвороби – при тому, що кількість госпіталізацій в останній тиждень скорочувалася з темпами, близькими до середніх у країні, а кількість позитивних тестів за тиждень знизилася на 9%. Зростання кількості оприлюднених летальних випадків у Запорізькій області, завдяки якому область вийшла на перше місце за цим показником у розрахунку на 100 тис. населення, ймовірно, має локальний характер.








5. Аналіз затримок оприлюднення даних

Рис.29 демонструє зміну кількості нових інфікованих, нових одужалих і нових летальних випадків за день згідно зі щоденними звітами МОЗ України для України загалом, що показані на момент публікації інформації (лівий графік), та ці ж дані, зведені до дат настання події (правий графік). Рис.29 (правий графік) демонструє нові випадки, показані на дати проведеного тестування, нові одужання, показані на дати одужання/виписки, та нові летальні випадки, показані на дату настання смерті. Дані на дату настання події є коректнішими і не мають нерегулярних стрибків, пов’язаних із затримками внесення даних до реєстру. Але дані на момент події змінюються ретроспективно, через це значення на кінцях інтервалу зазнаватимуть змін у майбутньому.

Офіційні оприлюднені статистичні дані можна почасти пояснити на основі аналізу затримок оприлюднення інформації. Відомо, що щодня оголошувані нові випадки інфікування, нові смерті й нові одужання насправді не всі настають у попередній день. В окремих випадках можуть траплятися значні затримки між датою фактичного настання події (тестування, виписки, госпіталізації, смерті) і датою внесення цієї інформації до бази та її оприлюднення.
Хорошим індикатором реальної кількості нових виявлень на момент тестування може слугувати кількість ПЛР-тестів із позитивним результатом. Загальна кількість позитивних тестів стає відомою раніше, ніж інформацію про кожен випадок окремо буде внесено до реєстру. Графік на рис.31 показує співвідношення між кількістю позитивних тестів і кількістю нових виявлень на дату тестування.

Кількість позитивних ПЛР-тестів непогано демонструє чіткий максимум, пройдений близько 29–30 жовтня 2021 року (рис.31, синя крива) й узгодження з виявленнями на момент тестування. Кількість нових офіційно зареєстрованих випадків (червона крива) має пологіший пік і зараз зменшується із затримкою близько півтора тижня відносно кількості нових позитивних тестів.

І хоча загалом в Україні кількість позитивних ПЛР-тестів і нових виявлень добре узгоджується, та в Києві ситуація сильно відрізняється. Рис.32 показує динаміку позитивних тестів і нових виявлень у Києві. Офіційні виявлення публікуються з великою затримкою, що приводить до того, що на офіційній статистиці (червона крива) триває фаза плато, тоді як кількість позитивних ПЛР-тестів зменшилась утричі порівняно з максимальними значеннями. Схоже неузгодження між даними в Києві спостерігалось і під час попередніх хвиль (рис.32).

Середні затримки оприлюднення статистичної інформації продовжують зростати (рис.33). Це свідчить про збільшення відсотка відносно давніх випадків, що затрималися під час пікового періоду. Структуру затримки в оприлюдненні нових випадків хвороби та нових летальних випадків показано на рис.34–37. У Києві ситуація із затримками результатів тестування залишається значно гіршою, ніж у середньому в країні (рис.36).




6. Прогноз розвитку епідемії в Україні з використанням статистичної моделі часових рядів Facebook Prophet
За допомогою методів статистичного аналізу та моделі часових рядів Facebook Prophet було досліджено динаміку щоденної кількості нових хворих для виявлення закономірностей поширення епідемії, для дослідження впливу свят і псевдосвят (аномальних дат на кшталт державних свят, теплих днів без опадів тощо), впливу тижневої та інших видів сезонної мінливості і виявлення їхнього характеру.
У попередньому звіті вищу точність показала модель, яка враховувала тільки дані поточної хвилі, коли значення почали сильно зростати (можна вважати, що це – з 13.09.2021 р.), тому і для цього звіту використано такий же підхід. Було побудовано модель, яка враховує всі свята і псевдосвята (аномальні дати на кшталт державних свят і перенесених вихідних днів, теплих днів без опадів, усі дати зміни карантинних умов тощо) і яка за даними 13.09–23.11.2021 р. дала прогноз на 08–21.12.2021 р. із сумарною відносною похибкою за тестовими даними 24.11–07.12.2021 р. – 5,07%. Похибка – порівняно невелика, модель виглядає достатньо адекватною (рис.38, таблиця 2).


Аналіз результатів моделювання приросту кількості нових підтверджених випадків захворювань показав таке:
- хвиля кількості нових хворих в Україні спадає, і за усіма прогнозами – доволі стрімко. Не виключено, що стрімкий спад обумовлений саме жорсткими карантинними обмеженнями, коли люди з порівняно неважким перебігом захворювання не роблять тесту і просто залишаються вдома на самоізоляції, а тому не потрапляють до статистики;
- зроблені у попередньому звіті прогнози щодо можливих дат завершення поточної хвилі на основі динаміки попередніх хвиль в Україні виявилися доволі точними, хоч у деякі дати і надто песимістичними, що доводить адекватність моделі;
- нестабільність динаміки зміни кількості нових хворих, яка спостерігається в Україні протягом осені, та значні відхилення у попередніх прогнозах, на жаль, не дають високої впевненості у зроблених висновках, тому рекомендується використовувати їх обережно.
Обчислення за допомогою моделі Facebook Prophet і аналіз отриманих результатів виконали завідувач кафедри системного аналізу та інформаційних технологій (САІТ) Вінницького національного технічного університету (ВНТУ) доктор технічних наук, професор В.Б. Мокін і аспірант кафедри САІТ ВНТУ А.В. Лосенко.
7. Порівняння з прогнозом від 23.11.2021 року

Із рис.39 видно, що кількість нових виявлень загалом відповідає прогнозним очікуванням.
8. Прогноз розвитку епідемії в Україні з використанням компартментної моделі
У таблиці 3 наведено середні прогнозні результати прогнозів для областей України на період до 14 та до 21 грудня. Прогнози не враховують впливу зміни кількості тестувань, кількості підозр і зміни карантинних обмежень. При обчисленнях вважалося, що репродуктивне число та коефіцієнт летальності залишаються сталими впродовж прогностичного періоду. Репродуктивне число й коефіцієнт летальності обчислювалися з алгоритму калібрування математичної моделі, а для прогнозного сценарію використовувалися середні значення за останній тиждень.
Для врахування можливої зміни кількості контактів у часі було додатково розглянуто два сценарії для кожної області: з поступовим збільшенням рівня контактності на 25% та зменшенням на 25%. Зміна відбувалася поступово протягом тижня. У таблиці 3 наведено прогнозні середні рівні виявлення нових інфікованих на день і діапазон їхніх значень на 14 та на 21 грудня 2021 року. Наведено також оцінку середнього за тиждень значення репродуктивного числа для кожного регіону, що використовувалося для обчислення прогнозу.

Згідно із розглянутими сценаріями, регіонами з найбільшою очікуваною кількістю інфікованих є Донецька, Київська, Полтавська, Черкаська області та м. Київ.
Для України загалом отримаємо такі прогнозні числові показники:
Репродуктивне число – 0.84 (середнє за останній тиждень, має нейтральну тенденцію)
Середня кількість нових інфекцій за день на 14.12.21: [7811-10731] при середньому значенні 9410.
Середня кількість нових летальних випадків за день на 14.12.21: [344-422] при середньому значенні 377.
Середня кількість нових інфекцій за день на 21.12.21: [4872-11376] при середньому значенні 7677.
Середня кількість нових летальних випадків за день на 21.12.21: [274-392] при середньому значенні 323.




На рис.42 показано зміну в часі репродуктивного числа для України загалом, отриману в результаті калібрування математичної моделі на статистичних даних. Відтінками позначено оцінки репродуктивного числа для різних областей. На цей момент середньотижневе значення склало 0.84.

Таблиця 5 демонструє середні прогнозні значення нових виявлень статистичної та компартментної моделей на період до 21 грудня 2021 року.

Висновки
1. В останні два тижні епідемія і далі спадала відносно сталими темпами. Порівняно з піковими значеннями, кількість позитивних ПЛР-тестів зменшилася втричі, нових виявлень поменшало в 2,2 раза, зайнятих ліжок у лікарнях – на 40%, добові госпіталізації скоротилися майже вдвічі, смертність – на 37%. Спадання захворюваності спостерігається в усіх регіонах України.
2. Середня кількість нових виявлень в Україні зменшилася до 10318 осіб на день, середня кількість летальних випадків становить 430 смертей на день у середньому за останній тиждень. Згідно з прогнозними обчисленнями, середня кількість нових випадків дорівнюватиме 9410 (SEIR_U), 8626 (Prophet) протягом тижня 8–14 грудня 2021 року та 7677 (SEIR_U), 7279 (Prophet) – протягом тижня 15–21 грудня 2021 року. Докладніше прогноз представлено у таблицях 3–5 і на рис.40–43
3. У Києві статистика захворюваності не відповідає реальній епідемічній динаміці через великі затримки оприлюднення даних (рис.32, 36), кількість щоденних позитивних ПЛР-тестів зменшилася більш ніж утричі порівняно з максимальними значеннями.
4. Дані Міністерства юстиції України вказують на пікове значення надлишкової смертності, близьке до 1500 тис. смертей на добу, порівняно з середнім рівнем 2015–2019 років. Максимум припав на період із 1 по 5 листопада 2021 року. Це більш ніж удвічі вище за пікове значення кількості зареєстрованих летальних випадків при COVID-19.
5. Спостережувана летальність зросла до 3% за неповними даними для дат 4-5-тижневої давнини. Госпітальна летальність зросла до нового максимуму – 22%.
6. На тлі повернення дітей до очного навчання подвоїлася частка неповнолітніх серед нових випадків хвороби. Їхня частка серед госпіталізацій зросла незначно.
7. Штам «Омікрон» уже підтверджено у 915-ти зразках у світі, з яких 212 – у країнах ЄС. З огляду на темпи його поширення у Південній Африці, він становить потенційну небезпеку і може суттєво вплинути на епідемічну динаміку й в Україні.